La iglesia de San Juan Bautista, es uno de los edificios más notables de Mora de Ebro. Se encuentra ubicada en la plaza de Baix lugar donde había estado el primer puerto fluvial, quedando hoy a unos metros más elevada que el curso del río Ebro. El actual templo se contruí sobre la antica iglesia, fechada ya desde el siglo XII, dedicada a Santa María y después de ser destruida durante la Primera Guerra Carlista.

Es un templo de una sola nave cubierta con bóveda de crucería y rematada a levante por un ábside de planta poligonal. Está decorada con pilastras de estilo dórico y una cornisa renacentista. En el año 1733 se construyó el corazón, la magnífica capilla neoclásica del sagrario y una fachada nueva. Dentro de una hornacina, una escultura del patrón preside la portada principal y otra de San Antonio Abad, la puerta lateral que ocupa posiblemente una anterior románica.